Die Arbeitsgemeinschaft Thüringer Wasserkraftwerke e.V. vertritt die Interessen der Betreiber von kleinen Wasserkraftanlagen in Thüringen sowie weitere Interessierte an der Entwicklung der Wasserkraft. Die Jenaer Arbeitsgemeinschaft unterstützt seine über 80 Mitglieder im Hinblick auf die genehmigungsrechtlichen Schwierigkeiten und fördert die Entwicklung des ökologischen Energieträgers Wasserkraft in Thüringen.
Von besonderer Bedeutung für den Verein ist, dass neben der CO2-freien Stromproduktion durch die Schaffung von neuen Biotopen sowie dem Bau von Fischaufstiegsanlagen durch Wasserkraftbetreiber die ökologischen Bedingungen der Thüringer Fließgewässer nachhaltig verbessert werden können.